בשנים האחרונות גוברת המודעות לחשיבות השמירה על איכות הסביבה במדינת ישראל בכלל, ובצה"ל בפרט. כבר בשנת 1989 הוקם בארץ המשרד לאיכות הסביבה שהחל משנת 2006 הינו המשרד להגנת הסביבה.
המשרד להגנת הסביבה אחראי להתוות מדיניות, ולקבוע תקנים ודרכי פעולה להגנה על הסביבה באופן ארצי וכוללני. איכות הסביבה בצה"ל היא אחד התפקידים החשובים ביותר של המשרד, שכן צה"ל הוא הגוף הציבורי הגדול, ויש שיאמרו אחד המזהמים ביותר בארץ.
למשרד שישה מחוזות המחולקים לפי אזורים גיאוגרפיים, וגופים נוספים שאחראים להגנת הסביבה הנמצאים באחריותו של המשרד, כגון: רשות הטבע והגנים, החברה לשירותי איכה"ס בע"מ, רשות נחל הירקון ורשות נחל קישון.
שינויים מאז דו"ח מבקר המדינה 2004
אמנם כבר בשנת 1989 הוקם בצה"ל גוף מטה להגנת הסביבה באג"ת, אך באוגוסט 2004 במסגרת דו"ח מבקר המדינה בנושא "שמירת איכות הסביבה בצה"ל", הוצגו פערים משמעותיים בהתנהלות צה"ל בכל הקשור בשמירה על איכות הסביבה. בעקבות הדו"ח הנ"ל וההבנה בצה"ל כי נדרש ביצוע שינוי ארגוני מהותי בתחום הגנת הסביבה, הוקם בשנת 2008 מנהל להגנת הסביבה בצה"ל.
המנהל להגנת הסביבה הינו גוף מטכ"לי האחראי ליישום מדיניות צה"ל, בתחום הגנת הסביבה לצורך טיפול, מזעור ומניעה של נזקים סביבתיים בתחומי הפעילות של הצבא. המנהל להגנת הסביבה בצה"ל פועל במישורים רבים לצורך השגת המטרות הנ"ל, לדוגמא:
דלקים ושמנים
קיימות בצה"ל תחנות תדלוק רבות, מכלי דלק ושמן תת קרקעיים ועילאיים, וסדנאות רבות לטיפול ברכבים. כל אלה הינם פוטנציאל לזיהום הקרקעות בבסיסי צה"ל בשמן/ דלק. הזיהום מתרחש בכך שהדלק המצטבר באדמה עלול לחלחל למי התהום ולזהם אותם.
כמות קטנה של סולר לדוגמא, מספיקה כדי לזהם אלפי ליטרים של מים. כיום, ניכר שיפור משמעותי בכל הקשור לאחזקה ולסילוק מוצרי דלק ושמן, קיימים אמצעים שונים למניעה ולטיפול בזיהומי קרקע, הזמינים לכלל היחידות בצה"ל, ובדיקות יזומות של אטימות למיכלי דלק ושמן תת קרקעיים מתבצעות בתדירות גבוהה.
פסולת ומיחזור
מכיוון שצה"ל הינו הארגון הגדול במדינה, הוא גם מייצר פסולת בכמויות גדולות. פסולת שלא ניתנת למחזור עוברת הטמנה, פעולה זו גורמת לנזקים רבים וחמורים לסביבה כמו שחרור חומרים רעילים לקרקע ולמי התהום. כמו כן, חוסר מיצוי השימוש בחומרי הגלם עד תום גורמת לניצול יתר של משאבי טבע ולהתכלותם.
כיום קיימת בצה"ל תשתית רצינית לצורך איסוף וטיפול בפסולת המיוצרת ע"י היחידות השונות . אמנם צה"ל אינו מבצע בעצמו מחזור פסולת, אך הפסולת עוברת מיון ונמכרת לקבלני חוץ לטובת מחזור. בנוסף, ישנו פרסום הוראות ונהלים בנוגע לאיסוף פסולת, ועידוד היחידות לבצע מחזור ע"י תחרויות שונות נושאות פרסים.
חיסכון במשאבים
צה"ל היה ידוע לשמצה בהרגלים בזבזניים בכל הקשור בחשמל ובמים. כיום פעולות רבות מוטמעות לצורך חיסכון משאבים בצבא. בניהן: מערכות אוטומטיות לכיבוי מחשבים אישיים, איסור השקיה בחודשי החורף (נובמבר- אפריל), רחיצת רכבים רק במתקנים ייעודיים המצוידים במערכות למחזור מי שטיפה, ואף התקנת מערכות למחזור מים בעת שטיפת כלי רק"ם.
בנוסף לפעולות הנ"ל צה"ל עושה רבות על מנת להחדיר את מדיניות הגנת הסביבה בקרב חייליו ומפקדיו, יוזמות רבות בתחום הגנת הסביבה מתקיימות בבה"ד 1, בית הספר למפקדים של צה"ל. בין היוזמות, חניכת חווה סולרית הכוללת 400 קולטים שמטרתם לחמם מים ולחסוך משמעותית בצריכת הסולר, החלפת נורות רגילות לנורות חסכוניות מסוג T5 המביאות לחסכון של כ-40% בצריכת החשמל, התקנת בקרים למיזוג אויר ותאורה בכיתות לימוד, התקנת ברזים מנתיים במקלחות ובכיורים ושימוש בבנייה ירוקה המנצלת תאורה טבעית.